یکی از مشکلات مودیان مالیاتی ناتوانی در ارتباط دادن میان گزارشات فصلی و ارزش افزوده است. به طوری که گاهی با مشکل قضایی نیز مواجه می شوند. مغایرت بین اظهارنامه ارزش افزوده و گزارشات فصلی یکی از مواد غیرقانونی در قانون مالیات و دارایی محسوب می شود که در صورت سرباز زدن مودیان، جرم محسوب می شود و مودیان باید در محاکم قضایی پاسخگو باشند که در نهایت به پرداخت جریمه نقدی محکوم می شوند.
بسیاری از مودیان از این موضوع اطلاع چندانی ندارند و زمانی که برای تمدید و یا دریافت گواهینامه مالیات بر ارزش افزوده به حوزه مربوطه مراجعه می کنند، متوجه می شوند که گزارشات فصلی آنها با اظهارنامه ارزش افزوده مغایرت دارد. به این معنا که گزارشات قبلی در سامانه ماده 169 مودیان با گزارشات در همان دوره مالیات بر ارزش افزوده تفاوت دارد. در این صورت مودیان فرصت دارند تا اصلاحات لازم را انجام دهند و تضادها را برطرف کنند. در عین حال این مغایرت نباید چشمگیر و بیش از حد مجاز باشد.

نحوه تشخیص مغایرت اظهارنامه ارزش افزوده با گزارش فصلی
با توجه به تعداد زیاد مودیان، اداره مالیات نمی تواند تک تک پرونده ها را به صورت دستی بررسی کند و برای کنترل و بررسی صحت اطلاعات ثبت شده مودیان، از طریق نرم افزارهای گزارش دهی اقدام می کند. سامانه گزارشات الکترونیکی به صورت آنلاین و آفلاین می باشد و اداره مالیات به منظور کنترل خرید و فروش مشاغل و افراد، این سامانه را راه اندازی کرده است.
از جمله مهمترین روش های اداره مالیات برای کنترل اطلاعات ثبت شده، مراجعه به ارزش افزوده می باشد. به این صورت که مبالغ ناخالص مودیان در اظهارنامه مالیات بر ارزش افزوده، باید با سامانه TTMS منطق باشد. 
مودیان در زمان تکمیل اظهارنامه مالیات برارزش افزوده، تنها به ذکر کالاها و خدماتی اکتفا می کنند که مالیات و عوارض به آنها تعلق گرفته است. این در حالی است که در سامانه ماده 169، مودیان در سامانه کالاهای مشمول و هم غیر مشمول را به یکباره ثبت و گزارش کرده اند. 
اداره مالیاتی می تواند در پایان دوره مالی اظهارنامه عملکرد را که شامل هزینه ها و دارائی ها و درآمدها می باشد با میزان گزارشات کنترل کند. بنابراین با توجه به اینکه راه کنترل گزارشات مودیان، مالیات بر ارزش افزوده است، باید اظهارنامه با سامانه ماده 169 منطبق باشد. برای این کار مودیان باید در زمان تکمیل اظهارنامه، کالاهای غیرمشمول را که در ستون مخصوص اظهارنامه مالیات برارزش افزوده و در جداول اکسل بارگذاری می شود، ذکر کنند و اظهارنامه فصلی خود را با گزارشات الکترونیکی فصلی مطابقت دهند.
ثبت گزارشات همزمان مودیان در دو سامانه ارزش افزوده و ماده 169 تنها با راه اندازی و طراحی یک سیستم مرتب و ایده آل حسابداری ممکن می شود.